Bozcaada’nın tamamı doğal ve tarihi sit alanıdır. Bu nedenle tüm yapı ve onarımlar Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulunca (Anıtlar Kurulu) onaylanmaktadır. Sıkı denetimler sayesinde adada çarpık yapılaşma görülmemektedir. Eski mimari dokusu korunmakta ve restorasyonlar kendine özgü yapı tarzı dikkate alınarak yapılmaktadır.

Ada merkezi Rum ve Türk mahallesi olarak iki kısma ayrılmaktadır. Zamanında bir dere ile ayrılan mahalleler, Türk ve Rum nüfusunun yoğunlaştığı yerleşim birimleridir. Doğal olarak kendi kültürlerinden gelen mimari özellikleri barındırırlar.

Türk mahallesi, tek katlı taş ve iki katlı cumbalı evlerden , kıvrımlı sokaklardan ve ufak meydanlardan olmaktadır.

Rum mahallesi 1900’lü yılların başında geçirdiği büyük bir yangından sonra Amerika’dan gelen bir mimar tarafından tekrar planlanmıştır. Mahalle, antik kentlerin birçoğunda kullanılmış olan ızgara plana göre, birbirini dik kesen ve hemen hemen aynı genişlikteki sokaklarıyla yeniden kurulmuştur. Aralarda herhangi bir meydan veya meydancık yoktur.

Adada, merkez dışında herhangi bir toplu yerleşim yeri bulunmaz. Yapı olarak sadece bağlar arasına kurulmuş bağ evlerine rastlanır. Bağ evleri görünüşlerine göre ikiye ayrılır. Çatısız tek katlı olanlarına “dam” , çatılı ve iki katlı olanlara “ kule” denir. Genelde taştan yapılan bu evler zamanında ada halkının bağda çalışırken konakladığı basit ve küçük yapılardır.

Ulaşımın sadece hayvanlarla yapıldığı zamanlarda ada merkezine gidip gelmeler vakit aldığı için özellikle bağ işlerinin yoğunlaştığı yaz döneminde buralarda kalınılırdı. Çatısı olmayan damlarda gece yıldızlara bakarak uyunurdu.

Bağ evleri şimdi daha çok yazlık ev olarak kullanılıyor. Bir kısmı eski damların restorasyonuyla bir kısmı da sıfırdan ama ada mimarisine uygun inşa edilerek ortaya çıkıyor.

Son yıllarda özellikle büyük kentlerden gelip Bozcaada'da yazlık ev yaptıranların sayısı artmıştır. Anıtlar Kurulunun belirlediği standartlar çercevesinde yapılan evler mimari çizginin korunmasına özel önem verilmektedir.