Adanın ekonomisi genel olarak bağcılık, şarapçılık, balıkçılık ve turizme dayanmaktadır. Ekonomik hayatın tarihi gelişimi incelendiğinde bağcılık, şarapçılık ve balıkçılık başlangıçtan beri sürekliliğini korumuştur. Süngercilik ise daha önceleri bir geçim kaynağı iken günümüzde artık yapılmamaktadır. Son yıllarda turizm ada ekonomisinde sürükleyici bir rol oynamaya başlamıştır. Hizmetler sektörü gelişmiş durumdadır.

Bozcaada'da özel sektöre ait dört adet şarap fabrikası ve rüzgar enerji santrali bulunmaktadır. Şarap fabrikaları ilçede üretilen üzümlerin değerlendirilmesi ve istihdam sağlaması açısından büyük önem taşımaktadır. Şarap fabrikalarının 5300 ton şarap üretim kapasiteleri vardır ve 60 kişi istihdam edilmektedir. Adada ayrıca birer adet şarap ve reçel imalathanesi de bulunmaktadır.


Turizm, Bozcaada'da 1990’lı yıllardan itibaren gelişmeye ve en önemli ekonomik faaliyet olmaya başlamıştır. Adanın kendine özgü tarihi ve mimari dokusu, doğal yapısı, kalesi, farklı kültürleri birarada barındırması, ada olma özelliği, temiz havası ve denizi; yerli ve yabancı turistler tarafından keşfedilmiş ve turizm olgusu giderek yoğunlaşmıştır.

Turizmin gelişmesinde en önemli etken 1996 yılında adaya arabalı vapur seferlerinin başlamasıdır. Yaz sezonun 2-3 ay gibi kısa olmasına karşın halkın en önemli gelir kaynağı giderek turizm olmuştur. Bozcaada'da bulunan 22 otel ile 44 pansiyonun toplam 1602 yatak kapasitesi vardır. Ev pansiyonları ile birlikte toplam yatak kapasitesi yaklaşık olarak 2500’dür.


Tarım arazilerinde ise (1478 hektar) sırasıyla bağcılık, tarla bitkileri, zeytincilik, sebzecilik ve meyvecilik yapılmaktadır. Adanın temel tarımsal faaliyeti bağcılıktır. Diğer tarımsal faaliyetler aile işletmeciliği şeklinde yapılır ve pazara yönelik değildir.


Balıkçılık, Bozcaada’nın konumu gereği ekonomisinde önemli bir yer tutmaktadır. Balıkların göç yolları üzerinde bulunan ada çevresine balık göçleri sırasında irili ufaklı bir çok balıkçı teknesi avlanmaya gelir. Yerli halktan balıkçılık yapanlar daha çok küçük balıkçılardır. Liman Başkanlığı'na kayıtlı 48 balıkçı teknesi ile 120 kişi profesyonel olarak balıkçılık yapmaktadır. 2004 yılında kurulan Bozcaada Su Ürünleri Kooperatifi’nin 29 üyesi bulunmaktadır. Ada dışından gelen balıkçılar daha büyük teknelerle avlanmakta ve yüksek miktarda deniz ürünü elde etmektedirler. Ada balıkçıları tarafından avlanan balıklar Bozcaada Balık Hali’ne satılmaktadır.